Peizazhi i Mbrojtur Lumi Buna - Velipojë menaxhohet nga Agjencia Kombëtare e Zonave të Mbrojtura në Shqipëri (AKZM) dhe dega e saj rajonale (ADZM).
ADZM është institucioni përgjegjës për menaxhimin e zonave të mbrojtura në Rajonin e Shkodrës i cili përfshin Parkun Natyror të Liqenit të Shkodrës, Peizazhin e Mbrojtur Lumi Buna – Velipojë, Parkun Kombëtar të Thethit, dhe të gjithë Monumentet e Natyrës në rajon. ADZM Shkodër aktualisht ka të punësuar 21 anëtarë të stafit, duke përfshirë një Drejtor, një Shef të Seksionit të Monitorimit, 5 Specialistë dhe 14 Roje Pyjesh.